Fullmetal Alchemist handelt von den Brüdern Al und Ed. Beim Versuch, ihre Mutter wiederzubeleben, verliert Al seinen Körper. Sein Bruder kann aber seine Seele in eine Ritterrüstung bannen und verliert dabei einen Arm und ein Bein. Beide versuchen fortan, ihre normalen Körper durch den "Stein der Weisen" wiederzuerlangen. Dabei stoßen sie auf etliche Hindernisse.
